基本的にはアケビの花に似ていますが、色がもっと暗い紫色(暗紫色)です。雄花の萼片はアケビのものより小さく、バナナの房に似た蕊が目立ちます。

ミツバアケビの葉は文字通り三枚の小葉からなる三出複葉です。これに対し、アケビの葉は五枚の小葉からなる掌状複葉となっています。